La Relazione annuale al PNI riunisce i risultati delle attività di controllo ufficiale svolte dalle diverse Amministrazioni coinvolte negli ambiti di attività ricadenti nel Piano Nazionale Integrato, fornendo una visione d'insieme di tutti gli elementi necessari per orientare la gestione e la programmazione dei controlli ufficiali.
In particolare, sono raccolte informazioni relative a: Alimenti, Mangimi, Sanità e Benessere animale, Sanità delle piante, Sottoprodotti, Zoonosi nell'uomo e Ambiente.
La Relazione rappresenta un duplice strumento operativo: di verifica dell'attività svolta e di orientamento dell'attività futura ai fini della razionalizzazione dei controlli ufficiali. 

Ai sensi dell’art. 44 del Regolamento CE 882/2004, e in considerazione degli orientamenti fissati dalla Decisione 2008/654/CE, il Ministero della Salute,in qualità di punto di contatto nazionale, predispone annualmente la Relazione e la trasmette alla Commissione europea.